Al comienzo de su reinado, Alfonso IX, convocó una curia regia (una reunión de sus consejeros) en abril de 1188 en el lugar que hoy ocupa la Basílica de San Isidoro. A ella acudieron por vez primera representantes del pueblo, por lo que son consideradas las primeras Cortes de la Europa medieval, y la semilla del sistema parlamentario.
En el año 2010, el Ayuntamiento de León, refrendado por historiadores y otras autoridades, comenzó un largo camino para el reconocimiento de ese hito histórico que culminó en el año 2013 cuando la UNESCO en el año 2013 otorgó a las Cortes de Alfonso IX de 1188 el título de «Memoria del Mundo». Se trata de un justísimo reconocimiento que se compendia en esta honrorísima titulatura: «León, Cuna del Parlamentarismo«.
Su primo Alfonso VIII de Castilla aprovechó estos momentos para invadir numerosas fortalezas leonesas. Durante todo el reinado de Alfonso IX se fueron sucediendo las guerras y las paces entre León y Castilla, y uno de los puntos de mayor enfrentamiento fueron estos castillos ocupados por Alfonso VIII.
Castellanos, aragoneses y portugueses invadieron el reino de León en 1196-1997, por lo que Alfonso IX se vio forzado a pedir la paz. Para conseguirla se tuvo que casar con Berenguela, una hija de Alfonso VIII. Como eran familiares cercanos, fueron obligados a separarse por orden papal en 1204, tras haber tenido cuatro hijos.
Dada su enemistad con el rey de Castilla, Alfonso IX y el rey de Portugal se negaron a participar en la famosa batalla de las Navas de Tolosa en 1212, que fue una gran victoria sobre los almohades.
En torno al año 1218 Alfonso IX fundó el Estudio General de Salamanca, que se acabaría convirtiendo en la actual universidad.
En ese tiempo, el Rey leonés atacó Cáceres en sucesivas campañas, pero no logró tomar la ciudad hasta 1229; a continuación, conquistó rápidamente Montánchez, Mérida y Badajoz.
Cuando se dirigía a Santiago para dar gracias al apóstol por sus victorias, murió en Villanueva de Sarria el 24 de septiembre de 1230.
El Rey había dejado dispuesto que le sucedieran sus hijas Sancha y Dulce, pero en contra de su voluntad, y tras un conflicto civil en la capital, se hizo con la corona leonesa su hijo Fernando III, quien ya reinaba en Castilla desde hacía trece años.
Alfonso IX destacó por su actividad repobladora: concedió fueros a toda una multitud de ciudades gallegas, asturianas y leonesas. Fue enterrado en la catedral de Santiago de Compostela.
En contra de lo que se suele decir, no fue el último rey de León, ya que el infante Juan, hijo de Alfonso X “el Sabio”, fue rey de Galicia, León y Sevilla desde 1296 a 1300.