En el reparto del reino que hizo Alfonso VII, a Fernando le correspondió la corona leonesa (Galicia, Asturias y León). Su hermano Sancho III de Castilla no tardó mucho tiempo en atacarle, aunque ambos firmaron una alianza militar en Sahagún el 23 de mayo de 1158.
Tres meses después fallecía Sancho, dejando en el trono castellano a su hijo de tres años, Alfonso VIII. Fernando actuó como tutor de su sobrino, y poco después también fue nombrado tutor de Alfonso II de Aragón, con lo que se convirtió en el principal rey de la Hispania cristiana, y empezó a intitularse “Rex Hispaniarum”. Tan solo Portugal le dio problemas, que se solucionaron en gran parte al casarse con Urraca, una princesa portuguesa. De ella nacería Alfonso, su sucesor.
Fernando II se lanzó a la conquista de Extremadura, tomando Alcántara en 1166. Pero allí tuvo que enfrentarse a Afonso I, su suegro portugués, ya que este logró hacerse con Cáceres y Badajoz con la ayuda de su compatriota Geraldo “Sem Pavor” (“el Cid Portugués”). Fernando arrebató Badajoz a los portugueses, e hizo prisionero a Afonso, aunque lo liberó al poco tiempo.
Este rey leonés impulsó a las nacientes órdenes militares, como la de Alcántara y la de Santiago. Ayudado por ellas conquistó la mayor parte de Extremadura, si bien en 1174 un contraataque almohade hizo que se tuviera que retirar hasta Ciudad Rodrigo. Dedicó el resto de su vida a intentar recuperar Cáceres, pero no lo consiguió. Sí que venció a los almohades en otros lugares, como en Santarem (Portugal).
Cuando falleció Fernando II, el 22 de enero de 1188, heredó el trono su hijo Alfonso, aunque antes tuvo que imponerse a su madrastra. Fernando, según sus deseos, fue enterrado en la catedral de Santiago de Compostela.